ปศุสัตว์และสัตว์ปีกจะถูกเลี้ยงด้วยอาหารสัตว์ซึ่งส่วนมากประกอบด้วยของเหลือจากการแปรรูปพืช รวมทั้งพืชจีเอ็มด้วย ยกตัวอย่างเช่นประมาณ 43% ของเมล็ดคาโนลาเป็นน้ำมัน ส่วนที่เหลือเป็นกากคาโนลาที่ใช้เป็นส่วนผสมในอาหารสัตว์และมีโปรตีนจากคาโนลา[76] ในทำนองเดียวกันกลุ่มของพืชถั่วเหลืองจะถูกปลูกเพื่อใช้สำหรับการผลิตน้ำมันและกากถั่วเหลืองที่มีโปรตีนสูงแบบไม่อ้วนและแบบปิ้งสำหรับอาหารปศุสัตว์และสุนัข 98% ของการเพาะปลูกถั่วเหลืองของสหรัฐจะใช้สำหรับทำอาหารสัตว์[77][78] สำหรับข้าวโพดในปี 2011 49% ของการเก็บเกี่ยวข้าวโพดทั้งหมดจะใช้สำหรับอาหารสัตว์ (รวมถึงอัตราร้อยละของของเสียจากการกลั่นธัญพืช)[79] "แม้จะมีหลายวิธีการที่อ่อนไหวมากขึ้นเรื่อย ๆ การทดสอบยังไม่สามารถที่จะสร้างความแตกต่างในเนื้อ นมหรือไข่ของสัตว์ที่ขึ้นอยู่กับชนิดของอาหารที่พวกมันกินเข้าไป มันเป็นไปไม่ได้ที่จะบอกว่าสัตว์ตัวใดถูกเลี้ยงด้วยถั่วเหลือง GM หรือไม่เพียงแค่ดูจากเนื้อ นมหรือไข่. วิธีเดียวที่จะตรวจสอบการมีอยู่ของ GMOs ในอาหารสัตว์คือการวิเคราะห์ที่มาของตัวอาหารเอง"[80]

ในบางประเทศ recombinant bovine somatotropin (เรียกว่า rBST หรือฮอร์โมนช่วยการเจริญเติบโตของวัวหรือ BGH) ได้รับการอนุมัติสำหรับการบริหารจัดการกับโคนมเพื่อเพิ่มการผลิตนม rBST อาจจะอยู่ในนมจากวัวที่ได้รับการบำบัดด้วย rBST และแม้แต่มีการฉีดเข้าโดยตรงแต่มันจะถูกทำลายในระบบทางเดินอาหารซึ่งจะไม่มีผลกระทบโดยตรงต่อมนุษย์[81][82] องค์การอาหารและยา องค์การอนามัยโลก สมาคมแพทย์อเมริกัน สมาคมโภชนาการอเมริกันและสถาบันสุขภาพแห่งชาติได้ระบุไว้อย่างอิสระว่าผลิตภัณฑ์นมและเนื้อจากวัวที่ได้รับการบำบัดด้วย BST มีความปลอดภัยสำหรับการบริโภคของมนุษย์[83] อย่างไรก็ตามเมื่อวันที่ 30 กันยายน 2010 ศาลอุทธรณ์สหรัฐอเมริกา หน่วยงานวงจรที่หก ได้ทำการวิเคราะห์หลักฐานที่ส่งมาอย่างสั้น ๆ ว่าได้พบว่ามี "ความแตกต่างที่ผสมกัน" ระหว่างนมจากวัวที่มีการบำบัดด้วย rBGH และนมจากวัวที่ไม่ได้รับการบำบัด[84][85] ศาลระบุว่านมจากวัวที่ได้รับการบำบัดด้วย rBGH มี: ระดับที่เพิ่มขึ้นของฮอร์โมน'ปัจจัยการเจริญเติบโต 1 ที่เหมือนอินซูลิน' (อังกฤษ: Insulin-like growth factor 1 (IGF-1)); ปริมาณไขมันที่สูงขึ้นและปริมาณโปรตีนที่ต่ำลงเมื่อมีการผลิตในบางจุดของวงจรการให้นมของวัว; และจำนวนเซลล์ร่างกายที่เพิ่มขึ้นซึ่งอาจ "ทำให้นมเปรี้ยวเร็วขึ้น"[85]